Toktamış Ateş, 1944 senesinde İstanbul’da dünyaya geldi. Ahmet Ateş’in oğludur. Orta ögrenimini Sankt Georg Lisesi Ortaokulu’nda, lise eğitimini ise Vefa Lisesi’nde yaptı. 1967 senesinde İstanbul Üniversitesi’nin İktisat Bölümü’nü bitirdikten sonra bu bölümün Siyasal Bilimler Kürsüsü’ne asistan olarak atandı.
1969 senesinde “Kurtuluş Dönemi Osmanlı Toplumunun Siyasal Yapısı” başlıklı çalışmasıyla Doktora, 1974’de “Demokrasi Teorisi” başlıklı çalışmasıyla doçent, 1982’de de profesör oldu.
Toktamış Ateş, İstanbul Üniversitesi’nin bunun yanında, değişik kurumlarda ders verdi. Yine ders vermek için, çeşitli zamanlarda ABD (Iowa) ile Almanya’da (Berlin – Münih) bulundu. İstanbul Üniversitesi’nin İktisat Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü başkanlığının bunun yanında, kurucuları içinde olduğu Bilgi Üniversitesi’nde Yönetim Kurulu üyesiydi. Yayınladığı kitap sayısı 30’u geçen Toktamış Ateş, 10 yılı aşkın bir süre boyunca Cumhuriyet gazetesinde yazmıştır. En son Bugün gazetesinin yazarları içinde bulunan Ateş, Zirve Üniversitesi Mütevelli Heyeti üyesiydi.
Toktamış Ateş, 19 Ocak 2013 tarihinde tedavi gördüğü Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi’nde vefat etmiş; cenazesi Fatih Camii’nden kaldırılarak Merkezefendi Mezarlığı’na toprağa verildi.
