Erhan Afyoncu, 1967 senesinde Tokat’ta dünyaya geldi. İlk ve ortaöğrenimini Tokat’ta bitirdi. Gazi Osman Paşa Lisesini bitirdiktan sonra 1981 senesinde Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümü’ne başladı.
1984 senesinde mezun olup bir yıl sonra aynı bölümde araştırma görevlisi olarak çalışmaya başladı. Yüksek lisansını “Necati Efendi Tarih-i Kırım (Rusya Sefaratnamesi)” tezi ile yapıp, 1997 senesinde “Osmanlı Devlet Teşkilatında Defterhâne-i Âmire (XVI-XVIII. Yüzseneler)” tezi ile doktorasını bitirdi. 2000 senesinde yardımcı doçentliğe, 2008 senesinde ise doçentliğe yükseldi.
Erhan Afyoncu, 2001 senesinde Fen Edebiyat Fakültesi Tarih bölümüne geçiş yaptı. 2010 senesinde Marmara Üniversitesi-Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü başkan yardımcısı oldu.
Erhan Afyoncu, 2007 senesinde 24 televizyonunda Geçmiş Zaman Olur Ki adlı haftalık bir tarih programına katılmaktaydı. Habertürk televizyonunda Murat Bardakçı ve Pelin Batu ile birlikte Tarihin Arka Odası adlı bir tarih programı yaptı. Ayrıca ilk sayısı 30 Mayıs 2010’da çıkan fakat 22 Mayıs 2011’de yayın yaşamı son bulan Murat Bardakçı ile Haberturk Tarih’ dergisinde de pazar günleri yazdı. Ayrıca derginin akademik koordinasyonu görevini üstlenmişti. 2011 senesinde Show TV’de yayına giren Muhteşem Yüzyıl adlı dizinin ilk sezonunda tarih danışmanlığını yapan Erhan Afyoncu, dizinin ikinci sezonunda tarih danışmanlığını bıraktı.
Erhan Afyoncu, Bugün gazetesinde Çarşamba ve Pazar günleri köşe yazıları yazmaktadır.
Erhan Afyoncu, 11 Nisan 2012 tarihinde Cumhurbaşkanı Abdullah Gül aracılığıyla, Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yönetim Kurulu kullanıcı hesabıne getirilmiştir. Evli ve iki erkek çocuk babasıdır
Erhan Afyoncu Kitapları
Das Osmanische Reich: Unverhüllt