Mustafa Balbay, 8 Ağustos 1960 senesinde Burdur’un Yeşilova beldesine bağlı Güney beldesinde dünyaya geldi. İlkokulu doğum yeri olan Güney beldesinde, ortaokul ve liseyi Aydın’ın Nazilli beldesinde okudu.
Mustafa Balbay, 1981 senesinde Ege Üniversitesi İletişim Fakültesi’ni birincilikle bitirdi. Öğrenciliği sırasında 1980’de İzmir’in yerel yayın organı Gazete İzmir’de gazeteciliğe başladı. 1981’de Milliyet Gazetesi İzmir bürosunda ve ardından Cumhuriyet Gazetesi İzmir bürosunda muhabir olarak çalıştı.
1985 senesinde Cumhuriyet Gazetesi İzmir Bürosu İstihbarat Şefi, 1989’da Cumhuriyet Gazetesi Ankara Bürosu Haber Müdürü, 1992’de Cumhuriyet Gazetesi İstanbul Haber Merkezi Müdürlüğü yapan Mustafa Balbay, 1993 senesinde Cumhuriyet Gazetesi’nin Ankara Temsilcisi oldu. 1993’ten bu yana köşe yazarlığına başladı. Gazetenin baş sayfasında, önceden Uğur Mumcu’nun Gözlembaşlıklı köşe yazılarının yayımlandığı köşede Gündem başlıklı köşe yazılarını yayımlayan Balbay, köşe yazarlığı ve gazetenin Ankara Temsilciliği görevini birlikte yürüttü.
Mustafa Balbay, Cumhuriyet Gazetesi Ankara temsilciliğini sürdürmekte iken 1996-2003 senelerı içinde TRT’de yayımlanan Pazar Panaroma haber programına yorumcu olarak katıldı.
1996-2009 senelerı içinde hafta içi her sabah Ümit Zileli’nin yaptığı radyo programına 15 dakika günlük yorumla katıldı. 1999-2003 senelerı içinde NTV’de Emin Çölaşan ve Yavuz Donat ile birlikte “Kapalı Kapılar Ardında” adlı haftalık tartışma programını yaptı. 2004-2009 içinde Avrasya TV adlı televizyon kanalında Emin Çölaşan ile birlikte haftanın hadiselerinın tartışıldığı “Ankara Rüzgarı” adlı bir programını gerçekleştirdi.
Gazeteci-köşe yazarı ve yönetici kimliğinin bunun yanında siyaset, güncel konular ve gezi içerikli yirmi 8 kitap kaleme almıştır.
Mustafa Balbay, 1 Temmuz 2008 sabahı Ergenekon soruşturması kapsamı içinde Ankara’daki evinde gözaltına alındı. Evinde yapılan aramanın sonrasında bilgisayarına el konuldu ve kendisi sivil polislerin eşliğinde evden çıkarılarak gözaltına alındı. Susma hakkını kullandığını söyleyen Mustafa Balbay, 5 Temmuz 2008 tarihinde mahkeme aracılığıyla tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldı. Mustafa Balbay, mahkeme çıkışı yaptığı bilgilendirmede kendisini “terör yaralısı” hissettiğini dile getirdi.
5 Mart 2009 sabahı, Ergenekon soruşturması kapsamı içinde 2. kez gözaltına alınan Mustafa Balbay, 6 Mart 2009 tarihinde çıkarıldığı mahkeme aracılığıyla hükümeti düşürmeye teşebbüs suçlamasıyla tutuklandı. Mustafa Balbay’ın hükümeti düşürme teşebbüsüyle suçlaması bilgisayarından görülmektedirıldıği ileri sürülen ve “darbe günlüğü” diye anılan notlara dayanır.
Mustafa Balbay’a atfedilen bu günlüklere dayanarak Balbay’ın İlhan Selçuk ve diğer Cumhuriyet Gazetesi yazarları ve bazı komutanlar ile birlikte 2000-2005 senelerı içinde askeri darbe planları yaptığı iddiası ortaya atlmıştır. Günlüklerin bir bölümü 16 Mart 2009 tarihindde bir internet haber sitesinde yayınlanmıştır.
24 Mart 2009 tarihinde avukatı aracılığıyla bir açıklama yapan Mustafa Balbay, kendisine ait olduğu ileri sürülen günlüklerle alakalı olarak, “Medyada tartışılan biçimde bir günlüğüm yoktur. Birbirinden farklı notlar montaj yapılarak birileri aracılığıyla işlenmiş, yorumlar eklenmiş ve tahrif edilmiştir” dedi.
6 Mart 2009’da beri Silivri Cezaevi’nde tutuklu bulunan Balbay, Ergenekon davasında hükümeti ve meclisi ortadan kaldırmaya teşebbüs suçlamasıyla yargılanmakta ve 28 Şubat 2011’den bu yana bir hücrede tutulmaktadır.
Cumhuriyet gazetesi Ankara temsilciliği görevi, 12 Nisan 2010 tarihinde, tutukluluk hali ileri sürülerek Utku Çakırözer’e devredilen Mustafa Balbay, kitap yazmayı ve köşe yazılarını ve kitap yazmayı cezaevi koşullarının elverdiği ölçüde sürdürür.
12 Haziran 2011 tarihinde yapılan genel seçimde Mustafa Balbay, Cumhuriyet Halk Partisi’nden aday oldu ve İzmir 2. Bölge milletvekili seçilmiştir.
Milletvekili seçilmesinin sonrasında tahliye talebinde bulunan Balbay’ın talebi, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi aracılığıyla geri çevirildi.
“3. Yargı Paketi” olarak bilen “Yargı Hizmetlerinin Etkinleştirilmesi Amacıyla Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılması ve Basın Yoluyla İlişkin Deva Cezaların Ertelenmesi Hakkında Kanun Tasarısı”nın TBMM’den geçip yasalaşmasından hemen sonra 5 Temmuz 2012 günü tahliyesini tekrar talep etti. Bu talep de İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi aracılığıyla geri çevirildi.
10 Aralık 2013 tarihinde Milletvekili yemin eden Mustafa Balbay aktif olarak görevine başladı.
Mustafa Balbay Kitapları
1996 Dönekrasi
1997 Türban Kime Kurban
1997 Ülkelere Değil Savaşa Düşmanım
1997 Copokrasi
1998 Cepokrasi
1998 Balkanlar
1999 Orta(daki) Asya Ülkeleri
2000 Yemen Türkler Mezarlığı
2000 Affedersin La Fontaine
2001 Yürüt Ya Kulum Demireller Tarihinde 2. Yahya Vak’ası
2002 Güvercin, Kurt, Bir de Arı Ele Geçirince İktidarı
2003 Çin’in Uzun Yürüyüşü
2003 Afrika’nın Uçlarında
2005 Tarihin Arka Odası: Amerika
2006 İran Raporu
2006 Suriye Raporu
2007 Irak Bataklığında Türk-Amerikan İlişkileri
2007 Devlet ve İslam
2007 Heyecan Yaşlanmaz
2008 Çanakkale’den Avustralya’ya ANZAK TÜRKLERİ
2008 12 Eylül Sol-Kırımı, 78’liler
2009 Nasreddin Hoca ile Eşeği
2009 Nasreddin Hoca ile Çocuklar
2010 Silivri Toplama Kampı ZULÜMHANE
2011 Düşünüyorum Öyleyse Sanığım ZULÜMNAME
2011 Demokrasi Tanrısı ZULÜMDAR
2012 Gülümsemek Direnmektir
2012 Halit Çelenk Anlatıyor – Denizlerin Davası
2012 O Mektubu Yazan Bendim…